余大成、张可大调兵遣将准备围剿孔有德，一举平定这次叛乱。然而孙元化却是个书生气十足的文人，他坚持认为孔有德所部都是辽镇强军，要对抗东虏还是得依靠他们，若就此剿灭，则损失的还是国家的力量。
再说孔有德等人自归登莱，便隶属其指挥，一直对他这个巡抚大人还算是挺恭敬有加的，也是其手下最精锐的兵马，若是就此剿灭，则其麾下便再无能战之兵。所以，孙元化不顾余大成和张可大的反对，坚持认为孔有德并非有意造反，极力主张招抚孔有德所部。
主观武断的孙元化做梦都还在想着招抚孔有德，可这种的愚蠢行为不但为孔有德赢得喘息之机，使他数次躲过官军围剿的厄运，并且使他迅展壮大。
孙元化自欺欺人的表现，使得孔有德轻易占领河北府县，沿途裹挟数万河北平民，号称十万之众，大肆劫掠，气焰嚣张，较之初起事时更为猖狂，从人数上已经差不多赶上西北、河南等地王嘉胤的民变军流贼。
但在兵员素质上，孔有德的核心部队一千余人乃是其在东江时跟随过来的辽军旧部，战斗力在大明军队中属于前列，自然不是王嘉胤、王自用这些吃不饱饭的饥民部队所能比拟的。
所以，孔有德所部叛军一旦成了气候，在他的主力核心部队职业军人的教导操练下，其战斗力和祸害地方的程度也是远王嘉胤的民变军的。
种种迹象表明，经过一路大肆劫掠，招兵买马之后，羽翼渐丰的孔有德已经不可能再受朝廷安抚，他的野心已迅膨胀，只要拿下登莱，孔有德自忖完全可以和朝廷分庭抗礼。
然而孙元化却仍没有放弃招抚的幻想，他背着余大成擅自给河北驻军出命令，要吴桥至登州一路州县驻军不得出兵阻击孔有德，任由其东返。
当孔有德率部一路大摇大摆走到莱州府时，打算先是诈降，不费吹灰之力夺取莱州自是最好。诈降不成，又想强行攻陷莱州，以莱州作为根基，招兵买马展壮大，与朝廷抗衡。
然而莱州城是万历二十六年才重建的新城，城墙周九里，高三丈五尺，基厚两丈四。而且还参照了西洋筑城法，筑有炮台，易守难攻。
且作为辽东的后勤基地，莱州城中的粮草、兵器十分的充足，在知府江泰成的严密部署下，城中军民依托坚城而守，对于缺乏攻城器械的孔有德而言，若是强行攻城，那么迎来的只能是一场恶梦。
孔有德有自知之明，虽然其部号称十万之众，但大多却是裹挟来的平民，根本派不上用场。主力核心只是那千余辽兵，一旦强攻，必然要受到重大伤亡，若是侥幸能够攻陷莱州还好说，否则若是不能成功，元气大伤，军心必丧，再不能成事。
但是打仗岂能指望侥幸获胜？
故而，在与李九成、李应元父子商量过后，孔有德决定转攻登州。
登州城从天顺年间就开始修建,三面依海边的山势峭壁而建，本为水师重港，万历年间又为防备东邻日本，辟为军港，港中停泊有大明的水师军舰。相比莱州，登州似乎应该更难攻破。
而且，此时登城城中的守军也比孔有德的乌合之众要强得多。
城中有三支守军，一是由登州总兵张可大率领的一千八百名浙兵；二是由孙元化重金从澳门请来教授明军操作西方火器的葡萄牙军官团；三是与孔有德叛军同样出身的东江辽兵。
因此无论从城防设施，还是兵员素质，登州都可谓是固若金汤。
但即使孔有德叛军一路杀到登州，所有人都认为孔有德是冲着登州城而来，而不是为了受抚而来时，身为巡抚的孙元化却依然没有清醒过来，他依旧没有放弃招抚孔有德的念头，依然觉得孔有德是受了他这个老巡抚的感召而前往登州来投诚。
孙元化的这个愚蠢想法无疑束缚住了他自己的手脚，使他不敢放手与孔有德的叛军坚决一战。
张可大与张焘、毛雨峰分兵夹击孔有德，孔有德抓住机会与张焘、毛雨峰取得了联系，并说动张焘、毛雨峰与他一起造反。
结果孔有德成功击败了张可大的浙兵，同时也收编了张焘、毛雨峰部下的辽兵，并借这些辽兵向城中的辽军传信，要他们响应起事，如此一来，城中的辽军顿时开始有不稳苗头出现。
孙元化的应对措施竟然却是放出关在牢里的参将耿仲明，想让这个与孔有德并称“山东三矿徒”的辽军悍将压制城中辽军，与浙兵和葡萄牙军官团一起抗击城外的昔日同僚孔有德。
耿仲明的弟弟耿仲裕不久前因为参加了皮岛的欠饷兵变，而耿仲明也牵涉其中，因而被孙元化投入大牢。